Después de caer bajo el malvado gobierno del Dr. Weil, Neo Arcadia se ha derrumbado en un estado de caos y confusión. Zero descubre este desastroso giro de los acontecimientos cuando él y sus amigos acuden al rescate de una banda de humanos que huyen de Neo Arcadia. Ahora le toca a nuestro héroe Zero resolver este terrible conflicto entre humanos y reploides para restaurar la paz y la seguridad en la tierra. Con nuevos sistemas para apoderarse de las armas enemigas y crear chips de fortalecimiento y nuevos programas Cyber Elf para introducir nuevas habilidades.
