En el futuro, un joven luchador de redes llamado Lan, inicia su 'terminal de exploración personal' (PET) y se prepara para piratear la red para combatir el crimen en las redes. El PET de Lan no es un navegador de red ordinario. Es Mega Man.EXE, la identidad cibernética, que se infiltra en la red plagada de delitos para luchar contra los virus informáticos destructivos. Derrota virus en tiempo real y recopila datos del programa Battle Chips, que contienen valiosos datos de armas e información crítica del sistema. Recoge más de 175 Battle Chips para ayudar a Land y Mega Man.EXE a restaurar la paz y el orden en la red.
