Mega Man y su amigo de Battle Network, Lan, están nuevamente en problemas. Solo ha pasado un mes desde que se cerraron los intentos del malvado terrorista de la WWW de secuestrar un importante satélite militar; y, sin embargo, el ciberespacio está a punto de ser golpeado por un virus aún más resistente y nunca antes visto, cuyo nombre en código es "Zero". Depende de ti, Lan y Mega Man acabar con este nuevo enemigo aparentemente impermeable y decididamente implacable. Recoge fichas de batalla, lucha contra enemigos, resuelve acertijos y descubre personajes secretos del universo de Mega Man.
