Han pasado tres semanas desde la casi colisión de la Tierra con la colonia espacial Eurasia. El desastre fue evitado por los actos heroicos de Zero. Ahora, en un planeta magullado y golpeado, están surgiendo historias de reploides rampantes. Depende de Mega Man X investigar estos misterios, pero no será fácil. Mega Man X debe luchar a través de un laberinto de niveles y rescatar reploids en el camino. Vuelve a la batalla una y otra vez con el nuevo sistema Nightmare, que aleatoriza mapas de nivel, enemigos y finales según tu forma de jugar. ¡Mega man X está de vuelta y ahora es personal!
