¡Solo porque Sigma fue derrotado, no significa que la guerra haya terminado! Seis meses después de la derrota de Sigma por Mega Man X, los Maverick Hunters reconstruidos, ahora liderados por X, finalmente contienen los últimos focos dispersos de resistencia Maverick. De repente, como de la nada, surgen ocho nuevos Comandantes Maverick para liderar un resurgimiento de la actividad Maverick en todo el mundo. Como si las cosas no pudieran empeorar, una nueva organización, los X-Hunters, decididos a matar a Mega Man X y vengar a su maestro Sigma, aparecen y desafían a X. Y tienen el cebo más jugoso para obligar a Mega Man X a luchar contra ellos, el partes del cuerpo del amigo muerto y mentor de X, Zero. Decidido a evitar la profanación de su mejor amigo, Mega Man X se lanza a la batalla una vez más. Pero las cosas no son lo que parecen, y los fantasmas del pasado nunca se olvidan tan fácilmente como parece.
VERSIÓN JAPONESA
