Cerca del final de su vida, el Dr. Light logra crear el primero de una nueva serie de robots que cambiarán el mundo. Capaz de pensar y tomar decisiones, este nuevo robot presenta un gran peligro y grandes posibilidades. Temeroso de las posibles consecuencias de desatar su creación en el mundo, el Dr. Light decide sellarlo en una cápsula y probar sus sistemas hasta que sean totalmente confiables. El futuro tendrá que decidir su destino ...
Liberado de la cápsula por el Dr. Cain, "X" nace en el mundo del futuro, donde las rebeliones de los robots son cosa del pasado. Pero cuando el Dr. Cain intenta implementar los diseños del Dr. Light en una nueva serie de Reploids, algo sale horriblemente mal. ¡Ahora el futuro está al borde de la destrucción y un nuevo Mega Man debe emerger para enfrentar a Sigma y sus fuerzas antes de que la raza humana sea eliminada del planeta!
