Super Robot Taisen EX es una entrada derivada de la serie Super Robot Taisen. Está protagonizada por personajes originales de la serie que se introdujeron en juegos anteriores, en lugar de los héroes de televisión de anime en los que se centran los juegos principales. El juego se desarrolla después de la tercera Guerra Super Robot y ve al protagonista Masaki regresar a su tierra natal de La Gias, ubicada en la superficie interna de la Tierra hueca. Encuentra la tierra envuelta en una guerra civil y rápidamente decide unirse a la lucha para restaurar la paz. Pronto se entera de que la gente de La Gias ha abierto puertas a la superficie, convocando a pilotos robot para unirse a la guerra contra su voluntad, introduciendo así a aliados y enemigos de guerras pasadas en este nuevo conflicto. Entre los convocados se encuentra Ryune, quien, al enterarse de la situación, decide buscar a otros amigos convocados y ayudarlos antes de intentar regresar a casa.
