Retrocede a varios años antes de la feroz batalla contra el imperio en Panzer Dragoon 1. En el país de Machania, los dragones se crían para uso exclusivo de los dragones o Caballeros. Los dragones con alas se ejecutan normalmente, ya que los ciudadanos los consideran un mal presagio. En la guerra con el Imperio, Machania ha comenzado a examinar las formas antiguas en lugar de intentar librar una guerra inútil utilizando los avances tecnológicos. El Imperio es tecnológicamente más avanzado. Randy, el héroe, y su nuevo amigo, el dragón que salvó, quieren cambiar el rumbo de la batalla.
