En busca de su mentor, la ninja Ayame se topa con una aldea en llamas. Junto con su compañero ninja Rin, Ayame debe emplear habilidades ancestrales, como supervisión, correr por las paredes y congelar al enemigo, para determinar quién es el responsable de este crimen. En Fatal Shadows, puedes jugar como Ayame o Rin en tres modos de juego. Esta vez, sin embargo, puedes matar a varios enemigos a la vez, así como mover cuerpos y esconderte bajo el agua para evitar que te detecten. Además, puede recoger una variedad de nuevas armas y elementos.
