En la atmósfera envenenada y devastada por la guerra de Nu Earth, Rogue Trooper es un soldado de infantería genético, uno de un escuadrón de élite de tropas clon diseñadas biológicamente, creado para superar la atmósfera hostil del planeta, sin obstáculos en su lucha contra el enemigo, la República del Norte. . Después de presenciar la traición y la aniquilación de su escuadrón en la Masacre de Quartz Zone, Rogue se ha ausentado sin permiso, decidido a perseguir al traidor que envió a sus hermanos de armas a la muerte. Armado con las últimas armas experimentales, el arsenal de Rogue le ofrece una ventaja crítica sobre sus oponentes; En su arma, casco y mochila se almacenan biochips codificados que contienen las personalidades digitalizadas de sus camaradas caídos, cada uno de los cuales ofrece su experiencia y asistencia únicas, lo que permite a Rogue burlar estratégicamente a un enemigo sofisticado.
