En Persona 3, asumirás el papel de un estudiante de secundaria, que quedó huérfano cuando era un niño y recientemente se transfirió a la escuela secundaria Gekkoukan en Port Island, donde es atacado por una sombra. El asalto despierta a su Persona, Orfeo, su única oportunidad de derrotar a esta criatura de la noche. Se entera de la Hora Oscura, un tiempo oculto que existe entre un día y el siguiente, plagado de Sombras que poco a poco han ido cobrando víctimas conocidas como Las pobres almas perdidas que inexplicablemente se han convertido en zombis andantes. Bajo la supervisión del director de la escuela, Shuji Ikutsuki, se une a sus nuevos amigos para enfrentar esta maligna amenaza.
