Super Monkey Ball Deluxe cuenta con 300 etapas (114 de "Super Monkey Ball", 140 de "Super Monkey Ball 2" y 46 tableros exclusivos de Deluxe. Además de las nuevas etapas, Super Monkey Ball Deluxe ofrece un nuevo modo Desafío, que integra varios configuraciones de habilidades (Principiante, Avanzado y Experto) en un aumento fluido, en lugar de dividirlas como secciones de juego independientes. También habrá etapas adicionales en el modo historia. Los doce juegos de fiesta de Super Monkey Ball 1 y 2 también están incluidos.
