El escenario está entre Gradius III y Gradius IV. Durante la "Tercera Guerra Bacteriana", el planeta Gradius derrotó a las Bacterianas y la paz regresó a Gradius. Después de que pasaron doscientos años, Gradius prosperó, pero cuando la desaparición de una nave científica que fue a una nebulosa conocida como "La Cordillera del Mal", los planetas colonia de Gradius fueron atacados por una fuerza desconocida que destruyó el 99% del Ejército Gradius. El Cuartel General del Ejército de Gradius decidió lanzar un ataque desesperado contra la "Nebulosa Oscura", que era la fuente de los invasores. Cuatro Hyper Space Fighters se lanzaron desde la nave nodriza con órdenes de detenerlos.
VERSIÓN JAPONESA
