G.I. Joe: The Rise of Cobra es un juego de acción en tercera persona en el que podremos controlar hasta 16 personajes (tanto del comando Joe como del grupo terrorista Cobra) y, cada uno de ellos, tendrá sus propias armas y sus propias habilidades. En este sentido habrá tres tipos de personajes. El primer tipo será el de los más pesados; tendrán ataques demoledores con un rango de acción más largo y con más potencia pero serán menos efectivos en el cuerpo a cuerpo. El segundo tipo será el de los más ligeros. En contraposición al anterior tipo, éstos serán mucho más ágiles y su especialidad será la lucha en distancias cortas. Por último tendremos los soldados de combate, que serán más equilibrados, así que podemos suponer que serán una mezcla entre el ligero y el pesado.
Como es de esperar, esta variedad de personajes tendrá consecuencias a la hora de afrontar los distintos niveles. Heavy Duty (del grupo de los pesados) tendrá un ataque desde lejos muy poderoso y, en cambio, Snake Eyes (del tipo ligero) será mucho mejor en la lucha cuerpo a cuerpo. Además, cuando el medidor esté al máximo, podremos activar el "Accelerator Suit" (novedad de la película), que hará a nuestros personajes invencibles y nos dará más potencia de disparo.
