El nuevo videojuego de NT utiliza los mismos entornos oscuros y peligrosos y los mismos temas aventureros que aparecen en la nueva película NT CGI desarrollada por Imagi Animation Studios y Mirage Licensing. La película de NT tiene lugar en una ciudad de Nueva York plagada de villanos secretos y extrañas criaturas de otro mundo. Enfrentados a estos peligros, las Tortugas experimentarán su momento más difícil como héroes y como familia, mientras Raphael, Donatello y Michelangelo pierden su enfoque y luchan por mantener su unidad y disciplina ninja.
